Wolfgang Capek absolvierte seine Studien in Orgel (bei Herbert Tachezi), Klavier, Komposition und Kirchenmusik an der Hochschule für Musik und darstellende Kunst in Wien (der heutigen Universität für Musik und darstellende Kunst) sowie in Frankreich und ist als Konzertorganist wie Pianist tätig. Zahlreiche Konzertreisen, Aufnahmen und Meisterkurse führten ihn in die Musikzentren nahezu aller Länder Europas, in die USA, nach Russland, Fernost und Australien. Als Solist wie auch kammermusikalisch arbeitete er mit diversen bedeutenden in- und ausländischen Ensembles unter namhaften Dirigenten zusammen. Langjährig Organist und Leiter der Chor- und Orchestergemeinschaft an der Marienkirche in Wien-Hernals, ist er seit 2009 Hauptorganist an der Augustinerkirche und künstlerischer Leiter des internationalen „Sommer-Orgelfestivals St. Augustin“.

Wolfgang Capek unterrichtet an der Universität für Musik und darstellende Kunst in Wien für Orgel und Klavier. Seine kompositorische Tätigkeit umfasst Werke für Klavier, Orgel und Chor wie Arrangements von Klavier- und Orchesterwerken für Orgel solo. 

Sein Repertoire umfasst alle Stilrichtungen mit einem Schwerpunkt bei der großdimensionierten Orgelliteratur des späten 19. und frühen 20. Jahrhunderts.